По умолчанию нижний слой будет называться Фон. Второй слой назовите, к примеру, Оригинал.
Сразу добавьте к слоям Альфа-канал. (Слой-Прозрачность-Добавить Альфа-канал)
2. Закрываем видимость у нижнего слоя, работаем пока с верхним слоем Оригинал.
3. Создаем направляющие, которые нам помогут в дальнейшем. (Изображение-Направляющие-Направляющие в %...)
По горизонтали:50


Выбрать: По вертикали:50.

4. Дублируем слой. (Слой-Создать копию слоя)
5. Теперь надо расчитать, чтобы получить равномерное уменьшение.
Итак, у нас изображение с 400пх по ширине и вполне хватит нам 4 слоя для уменьшения изображения: 400делим на 4, у нас получится 100. Это значит, что мы должны уменьшать размер на 100пх: 400,300,200,100.
Выбираем инструмент Масштаб, зацепите, и уменьшите до 300пх. по ширине.

6. Дублируем этот слой (Слой-Создать копию слоя)
Идем опять к инструменту Масштаб, на этот раз уменьшаем до 200пх.

7. Дублируем этот слой и уменьшаем до 100пх.

8. Теперь нам надо слои оцентрировать, вот поэтому и понадобятся направляющие.
В параметрах инструмента Перемещение поставьте галочку на Переместить активный слой.
Зацепляем мышкой слой и двигаем к центру, у нас появится ориентированный зеленый крестик посередине, вот он и зацепляется к пересечению направляющих.

Переходя к 2 нижними слоями, проделайте эту операцию.
В итоге у нас должно получиться вроде лесничного проема.
Чтобы в дальнейшем не запутаться, пронумеруйте слои.

Дальше слои надо риверсировать, т.е. поставить в обратном порядке, слой 3 переместить вниз над слоем Фон. Далее идет слой 2, потом 1 и потом Оригинал.
9.Открываем видимость нижнего слоя, активируем. Находим FX-FOUNDRY-Combine with Background. Все слои соединятся с нижним слоем.

Скопировать набор скриптов FX-FOUNDRY отсюда
Копируем все файлы с расширением SCM и кладем в одну из этих папок
C:\Program Files\GIMP-2.0\share\gimp\2.0\scripts
или C:\Document Setting\user name\.gimp2.6\scripts

Примечание: если же по какой-то причине не скачан набор скриптов FX-FOUNDRY, то можно сделать вручную соединения слоев.
Дублируем нижний слой Фон, дублируем еще раз этот Фон и перемещаем на один слой выше.
Дублируем этот слой и перемещаем на один слой выше и еще раз дублируем и перемещаем на слой выше. ( получится 8 слоев)
Теперь соединяем попарно. Активируйте слой 1 и соедините со слоем ниже.(Слой-Объединить с предыдущим.)
Активируйте слой2 и соедините с нижним. Активируйте 3 и соединяем с слоем ниже.

10. В итоге должно получится 5 слоев.
11. Активируем нижний слой Фон, дублируем, перемещаем на верх и делаем уменьшение как в 5 по 9шагах. Видимость у 5 нижних слоев выключите.
11а. Нумеруем слои:1,2,3.

11б. Меняем порядок слоев в обратный.

12. Активируем слой Оригинал, ставим вниз и снова применяем FX-FOUNDRY-Combine with Background.
Удаляем нижний слой, нажав на иконку мусора.

Для тех у кого нет этого скрипта, делаем вручную.
Дублируем слой Оригинал, дублимруем еще раз и поднимаем на один слой выше, еще раз дублируем и на слой выше.
Затем соединяем попарно: активируем слой3 и соединяем со слоем ниже(Слой-Объединить с предыдущим.)
Объединяем слой2 со слоем ниже и слой 1 со слоем ниже.

У нас получится 8 слоев.
13. Смотрим, что получилось. (Фильтры-Анимация-Воспроизведение)
14. Индексируем.(Изображение-Режим-Индексировать)

15.Оптимируем.(Фильтры-Анимация-оптимировать для гиф), откроется в отдельном окне.
16.В этом окне сохраняем как гиф (gif)

Можно оставить милисекунды по умолчанию, а можно поставить 200мс, чтобы не так быстро картинки двигались.

PS: Если не риверсировать слои из шага 11б и 8, то картинки будут наоборот при анимации исчезать, как бы уходить вдаль, а не появляться. Ну, это кому, как нравится.

По такому принципу делать и с 3 и более картинками.